企业办理医疗器械CE认证可以按照以下步骤进行：

1.企业需要深入了解欧盟的医疗器械相关法规和标准，确保产品符合相关要求。

2.企业可以选择一家合适的认证机构，机构将对企业进行审核和认证。

3.企业需要准备相关的申请材料，包括产品技术文件、质量管理体系文件、申请表等。这些材料应该详细说明产品的设计、制造、性能、安全性等方面的信息。

4.企业将准备好的申请材料提交给认证机构，并按照机构的要求支付相应的申请费用。

5.认证机构将对企业提交的申请材料进行审核和评估，包括文件审核和现场审核。文件审核主要是检查企业提交的材料是否齐全、准确，是否符合相关法规和标准的要求；现场审核主要是对企业的生产现场、质量管理体系等进行实地检查，确保企业的生产和质量管理符合相关要求。