申请医疗器械的CE认证时，制造商应准备以下资料：

技术文件：技术文件是CE认证的核心要求之一。它包括产品的设计和制造信息、性能特征、安全性和有效性评估、材料和组件的规格、生产过程的描述等。技术文件应详尽、准确地描述产品的特性和符合性。

标签和说明书：制造商应提供产品的标签和说明书，其中包括产品的使用指南、警告和注意事项、技术规格等。标签和说明书应符合相关的法规要求，清晰明了地传达产品的信息。

风险评估：制造商需要进行产品的风险评估，识别和评估潜在的风险，并采取适当的控制措施来确保产品的安全性。风险评估应包括对产品使用中可能出现的危险情况、危险源和风险等级的评估。

性能评估：制造商应根据产品的特性和预期用途进行性能评估。这包括对产品的基本功能、安全性能、稳定性和可靠性等方面进行评估和测试。

质量管理体系：制造商需要建立和实施适当的质量管理体系，以确保产品的质量和符合性。质量管理体系应符合相关的，如ISO 13485。

相关证书和测试报告：制造商应提供与产品相关的证书和测试报告，如材料的安全性评估、生物相容性测试、电磁兼容性测试等。

授权代表文件（如果适用）：如果制造商委托了授权代表来代表其申请CE认证，需要提供授权代表的文件。

以上资料是一般情况下申请医疗器械CE认证所需的基本资料，具体要求可能因产品类型、分类和适用的法规而有所不同。制造商应仔细研究适用的法规和指南，并根据需要寻求的咨询和指导，以确保准备的资料符合要求。